الصعوبات التي واهت فريق العمل

 اعتماد المكنز على مبدأ الإنشاء وليس الترجمة.
 اعتماد التقنية الآلية كعامل أساسي في المشروع منذ بدايته وما صاحب هذا القرار من صعوبات ناتجة عن إشكاليات التعامل مع اللغة العربية من خلال النظم الآلية.
 تشعب علاقات موضوع الوقف وارتباطه بكثير من العلوم الأخرى.
 تنوع مصطلحات علوم الوقف بين التراثي غير المستخدم في الحياة اليومية كالبيمارستانات، والمستحدث كالإعلام الوقفي.
 ظهور صيغ جديدة للوقف مع عدم وجود المستند الأدبي الكافي لهذه الصيغ كوقف الوقت.
 اختلاف بعض المصطلحات الدالة على المفاهيم الخاصة بالوقف بين مختلف الدول (مثل: وقف – حبس)
 عدم توفر المعاجم الخاصة بالوقف للاسترشاد بها، خاصة في عملية إعداد التبصرات.
 العمل على رقعة جغرافية واسعة، حيث تم تنفيذ المشروع بالاستعانة بمتخصصين من دولة الكويت والمملكة العربية السعودية وجمهورية مصر العربية.
 عدم وجود جهة محددة لحصر وتسجيل المكانز العربية التي تم إنتاجها، مما أدى لتأخر البدء في إنجاز المشروع لتفادي تكرار الجهود.